Se eu entendi sua pergunta corretamente, você deseja buscar seu .deb
s somente de uma única fonte, certo?
Então você pode definir o /etc/apt/sources.list para o antigo usando
# mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.listold #or something like that
crie uma nova sources.list usando
# touch /etc/apt/sources.list
depois disso, edite a nova sources.list usando
# vim /etc/apt/sources.list
finalmente, insira uma linha como essa:
deb http://name.of.your.server/ubuntu/ precise universe
deb-src http://name.of.your.server/ubuntu/ precise universe
Agora o apt buscará somente pacotes do nome.de.seu.servidor
Espero que isso ajude você.