./.* também corresponde a ./.. , fazendo com que chmod -R tente repetir tudo em .. .
Adicionado:
Se você quiser apenas os arquivos de ponto e diretórios no diretório atual, tente .[!.]* , que corresponde a tudo que começa com . e tem pelo menos um caractere não ponto seguinte.
Se você quiser todos os arquivos de ponto em qualquer árvore de diretórios atual, use find como mostrado aqui usando a substituição de comando $(...) para colar a saída de find de volta na linha de comando como argumentos para chmod .
chmod 700 $(find -name ".[!.]*")