Isso pode ser feito dentro do RIP ou anterior, o RIP é feito nas máquinas de impressão comerciais.
O que você está procurando é chamado de software de imposição, especificamente o recurso N-Up. Isso permitirá que você modifique um arquivo PDF e salve-o. Este software é geralmente um plugin para o Adobe Acrobat, por exemplo, Totalmente Imponente , mas pode ser feito separadamente.
Eu usei o PDFTools uma vez, mas ele só pode ser feito de imagens para um PDF. quando eles estavam fazendo uma oferta gratuita. A versão de avaliação adiciona marcas d'água, mas se você estiver fazendo N-up, poderá trabalhar em torno delas.
Há também um aplicativo CLI, Criador de PDF N-UP , eu não tentei.