O ganho de desempenho só será perceptível ao usar os dois discos, como ao copiar. Em outras palavras, não é um fator. O único caso útil é quando um disco é o disco do sistema e o outro contém seus dados. No entanto, 500 GB é demais para o disco do sistema.
Discos maiores são um pouco mais lentos, mas, novamente, não é algo que você notará. 1 TB hoje não é realmente considerado grande.
Minha sugestão seria pegar um disco de 1 TB e particioná-lo em dois:
- partição do sistema em que o Windows e todas as aplicações estão instaladas, cerca de 100 GB
- seu disco onde você coloca seus dados
O raciocínio é que, se o Windows quebrar e você precisar reformatar e reinstalar, pelo menos você não perderá seus próprios dados.
Outra razão é que isso permite fazer backups de imagem do disco do sistema. Como o componente de sistema mais perigoso que pode quebrar o Windows é o Windows Update, é aconselhável configurá-lo em notificar-mas-não-instalar e fazer um backup de todo o disco antes. Se o disco do sistema estiver quebrado, você poderá inicializar no CD de emergência que vem com o produto de backup e restaurá-lo.
Eu aconselho ir ao Windows 7, ao invés do XP, já que tem utilitários muito mais sofisticados para backup, restauração e resolução de problemas em geral. Para alguém que não é um usuário avançado, é mais amigável do que o XP.