Você já tentou fdisk ? Em um terminal, execute
sudo fdisk /dev/sdx
onde /dev/sdx deve ser substituído pelo arquivo de dispositivo da sua unidade flash. Quando você obtiver fdisk open, digite p para listar a tabela de partição, e se a misteriosa partição estiver listada, você pode usar d # para excluí-la. ( # é o número da partição, portanto, por exemplo, d 1 , d 2 ) w grava a tabela de partição de volta no disco e q quits. (hit m para ajuda)
Se mesmo fdisk falhar, acho que você poderia tentar zerar o primeiro setor, que eu acho que contém a tabela de partições.
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdx bs=512 count=1
onde, novamente, /dev/sdx deve ser substituído pelo dispositivo real do seu pen drive, fará isso por você. Você pode aumentar o número count= para gravar zeros em mais do disco ou omiti-lo totalmente para sobrescrever todo o disco. Escusado será dizer que, se o fizer, perde irremediavelmente todos os ficheiros que possam ter sido armazenados no disco.