Uma ferramenta fácil de usar é o Audacity, que tem a capacidade de mostrar distorção em seu arquivo original de maneira fácil de entender. Basta importar seu arquivo e ativar a detecção de recorte usando:
View --> Show Clipping
e você verá linhas vermelhas verticais para indicar onde a distorção está ocorrendo. Veja abaixo em um arquivo mp3 estéreo de minha autoria:
Isso lhe dará uma idéia de qualquer distorção no arquivo original. O Audacity também tem uma ferramenta que você pode tentar corrigir:
Effect --> Clip Fix
que eu confesso que teve resultados variados no meu próprio sistema ...
Referências: