Você pode danificar dados escrevendo em CDs de duas maneiras:
- Coçar - como o @francis mencionou, se você usar uma caneta de ponta dura ou lápis, pode riscar o material e criar danos suficientes para que o laser de leitura não seja capaz de "ver" determinados setores
- infiltração de tinta - se você usar uma caneta-tinteiro ou um tipo de marcador que deixa uma grande quantidade de tinta para trás, ela poderá vazar para o outro lado e destruir novamente as áreas legíveis.
Minha sugestão é: basta usar um sharpie, ou canetas dedicadas a escrever em mídia gravável. E não pressione muito:)