Não , porque nenhum SO que conheço possui um método de "proteção de senha de uma pasta". Existem apenas permissões regulares do sistema de arquivos.
Claro, o ransomware só pode criptografar onde pode escrever. Mas o que realmente dói: ter seu sistema operacional criptografado? Ou ter seus arquivos pessoais criptografados?
Além disso, se você estiver usando o EncFS ou qualquer outra coisa, isso não ajuda: se estiver montado, a pasta será criptografada. Se não estiver montado, os arquivos de apoio serão criptografados e você não poderá mais montá-lo. É seguro, mas não é seguro.