Sim, você pode desfragmentar seu disco. Se você estiver usando o IE, no entanto, o arquivo é colocado em sua pasta temporária até que seja totalmente baixado, no ponto em que é copiado para seu destino final, assim você ainda pode estar baixando para o disco rígido e não para o disco externo. p>
É certamente uma boa idéia deixar sua máquina sozinha enquanto desfragmenta e realmente melhor se você puder desfragmentar a unidade enquanto ela não estiver sendo usada. A unidade c: \ de uma máquina Windows que está em uso está constantemente sendo gravada, reduzindo a eficácia e estendendo o tempo necessário para uma desfragmentação. Melhor para inicializar uma unidade alternativa e desfragmentar sem atividade.
Editar:
Eu concordo com nik sobre não usar o defragger do edifício, é bastante desajeitado e lento. Dê uma olhada nesta questão para outras sugestões de software de desfragmentação .