Não, você não pode. Alguns sistemas podem ser capazes de controlar portas lógicas completas - permitindo que você substitua uma porta por outra, mas retendo o mesmo identificador -, mas pinos de dados individuais em uma porta? Não. Isso seria um exagero e, na verdade, não é um recurso que qualquer um quer, já que a substituição de uma porta Ethernet é uma solução relativamente simples para aqueles que podem - e estão dispostos a - soldar um novo.
Além disso, se você reatribuiu um pino no conector, então o cabo e o conector que ele encerra na outra extremidade? Que o outro lado precisa estar ciente da mudança e isso não é algo que faça sentido logisticamente.
E sobre isso:
If I am right there is need only for 3 pins on Ethernet cable - that would be 100Mbps link.
Não. Um cabo Ethernet tem 8 pinos, mas só precisa de 4 pinos para 10 / 100BT e precisa de todos os 8 pinos para 1000BT. 3 pinos em um cabo Ethernet RJ45 = sem Ethernet de qualquer tipo.