Se você não criou o diretório /data/EPUB primeiro, então, efetivamente, o que você fez foi renomear cada arquivo, um de cada vez, para um arquivo chamado /data/EPUB - substituindo o anterior de cada vez.
O que você tem agora não é um "superfile", mas /data/EPUB é o arquivo .epub final que foi movido, e todos os outros arquivos .epub foram perdidos (como foram sobrescritos por movimentos subseqüentes).
Não há uma maneira direta de recuperá-los.
Sugiro desmontar o dispositivo imediatamente (se possível) e não fazer mais gravações, e depois usar um programa como TestDisk para tentar recuperar os arquivos sobrescritos (também instruções detalhadas aqui ).
No futuro, eu recomendo usar mv -i , que irá solicitar a sobregravação, capturando, assim, erros como este.
Também sugiro criar o hábito de colocar um / à direita após os nomes dos diretórios, o que também trará esses erros por falha se o diretório não existir (em vez de assumir que é um arquivo), por exemplo:
find . -iname "*.epub" -exec mv -i {} /data/EPUB/ \;