Eu entrei em contato com a Amazon sobre isso, eles disseram que é seguro instalar o NTP e que você não deve desativar o xen wallclock. Eles disseram que o NTP é uma boa solução para instâncias do EC2.
A Amazon tem servidores NTP dedicados que devem ser adicionados ao /etc/ntp.conf:
server 0.amazon.pool.ntp.org
server 1.amazon.pool.ntp.org
server 2.amazon.pool.ntp.org
server 3.amazon.pool.ntp.org
Portanto, é melhor instalar o NTP conforme descrito nos documentos :
sudo apt-get install ntp