Esse problema é causado pela compatibilidade com versões anteriores do Windows Vista e posterior. Nesses sistemas, algumas pastas que tinham nomes "conhecidos" no Windows XP são mapeadas para os novos locais usando Pontos de Junção do Diretório NTFS .
Um exemplo de tal mappnig é:
\Documents and Settings\<username>\Application Data
sendo mapeado para \Users\<username>\AppData\Roaming
.
Normalmente, esse mecanismo deve ser transparente, mas, infelizmente, no seu volume, algo deu errado e criou uma junção recursiva.
Para copiar seus dados, você tem que usar um programa que entende os Pontos de Junção do Diretório NTFS e pode ignorá-los durante a cópia, um desses programas é Microsoft Robocopy .
O parâmetro em que você está interessado é /XJ :: eXclude Junction points. (normally included by default).
ou /XJD :: eXclude Junction points for Directories.
se você deseja ser mais granular e ignorar apenas as junções de diretório.
Para responder à sua segunda pergunta, ler o NTFS no Linux é uma operação bastante segura. Preservar as ACLs NTFS, por outro lado, não é trivial.