Parece que este é um problema com muitas ferramentas de comparação e smartphones, e já existe há algum tempo. Como você adivinhou, a questão principal é que os telefones anexados como armazenamento não recebem letras de unidade quando estão conectados (veja aqui um tópico que trata do mesmo problema há quase dois anos: link )
Uma alternativa é usar uma ferramenta de comparação que ofereça suporte a conexões FTP, configure um servidor FTP no seu telefone Android e execute a comparação dessa maneira. Provavelmente será muito mais lento que uma conexão USB, mas ainda melhor que nada.
Para obter uma letra de unidade atribuída ao seu telefone Android, não será necessário usar o método de conexão MTP, o que significa fazer o root do dispositivo e usar um dos vários métodos disponíveis para montar seu telefone como armazenamento em massa ( link ).
Uma solução de longo prazo é usar uma ferramenta diferente para sincronizar arquivos entre seu telefone e seu computador.
Pessoalmente, uso Bittorrent Sync para mover fotos do meu telefone para o meu computador. Quando eu removo arquivos da pasta sincronizada no computador, eles são movidos para uma pasta oculta no meu telefone também, e então eu os excluo de lá sabendo que eles já foram tratados no computador.