Na maioria dos casos, desde que haja espaço suficiente, ambos os cenários devem funcionar bem. Uma unidade flash inicializável ainda tem um sistema de arquivos normal e, se for um sistema de arquivos gravável como FAT32, NTFS ou EXT, ele permitirá que você copie arquivos.
Enquanto o gerenciador de inicialização procura arquivos específicos por localização (e isso deve funcionar), mover os arquivos para frente e para trás pode interferir nas permissões.
Ele seria mais simples para adicionar os arquivos à sua própria pasta, dentro da hierarquia do sistema de arquivos de qualquer sistema operacional que usa o IMO, mas levando em conta essas considerações, isso deve funcionar