Cada partição tem um "código de tipo" que identifica que tipo de dados está na partição. (O código de tipo para NTFS é 7, por exemplo). Alterar o código de tipo não tem efeito sobre o conteúdo da partição, mas o Windows irá ignorar uma partição cujo código de tipo não indica um dos sistemas de arquivos que o Windows suporta.
Assim, você pode alterar o código de tipo da partição para que o Windows pare de reconhecê-lo. Ele ainda conterá o mesmo sistema de arquivos NTFS - mesmo se você alterar o código de tipo para o do ext3, por exemplo, você não está realmente alterando os dados para o ext3, você está apenas fazendo o tabela de partições mentir sobre o que os dados são.
Não tenho certeza se o Windows fornece uma maneira de alterar o código de tipo de uma partição, mas você pode fazê-lo com o programa fdisk
em qualquer sistema Linux.