Portas USB sendo compatíveis é uma coisa (requisitos de energia para dispositivos USB3.0 à parte), no entanto, não faz sentido tentar conectar o conector errado ao cabo errado. Os layouts de pinos variam e você corre o risco de danificar a placa-mãe e / ou o dispositivo USB.
Eu apenas compraria uma porta USB2.0 que foi projetada para o cabeçalho da placa-mãe, em vez de tentar forçar um pino quadrado em um buraco redondo.
Ou, como outra pessoa sugeriu - e esta é a sua melhor opção, já que ela lhe dará a funcionalidade USB3.0 - você deve comprar uma placa de expansão PCI USB3.0.
Comprei um recentemente e eles são muito acessíveis.