VGA é analógico, HDMI é digital. Quando você estava conectando seu computador à sua TV através de um cabo VGA, um hardware diferente na sua TV estava processando o sinal. É provável que sua TV simplesmente não consiga processar um sinal digital da resolução que você está procurando. A maioria dos manuais lista as resoluções que os televisores têm capacidade de fazer através de diferentes conexões, por isso, certifique-se de que sua TV pode suportar a resolução desejada em HDMI.
Se a imagem parece ok em 1280x720, mas é apenas fora do centro, então você pode pressionar um botão no controle remoto da TV para centralizar a imagem. Verifique novamente o manual da sua TV para ver que botão faz isso, mas geralmente ele é chamado de algo como "Modo de visualização", "Ampla", "Esticar", "Zoom", etc.
Outro problema pode ser sua própria GPU. As especificações dizem que ele é capaz de resoluções de até 1080p, mas tem havido problemas de não funcionar com alguns resoluções (embora a sua resolução desejada não esteja na lista). Eu também vi vários lugares onde as pessoas estavam tendo problemas com esse chipset no Linux (embora eu suponha que você esteja executando o Windows).