No Linux, quando você compila o kernel, você tem a opção de compilar o suporte para cada sistema de arquivos disponível (ext2, ext3, ext4, reiserfs ou JFS, por exemplo) separado como módulos ou dentro do kernel. Eu não tentei se funciona quando compilado como módulos, mas eu suponho que certamente não funcionará para o sistema de arquivos da partição de inicialização, mas pode funcionar para os outros.
Nenhuma ideia para o Windows ou o OSX.