Geralmente, para fazer o trabalho de inicialização dupla, é necessário instalar o Windows primeiro e depois o Ubuntu. Bootloader do Ubuntu - GRUB2
, em seguida, autodetecta o Windows e cria uma entrada na lista de inicialização do GRUB.
Se você fez o contrário, que é o Ubuntu instalado e, em seguida, o Windows, então você precisaria reparar o GRUB para poder inicializar em ambos os sistemas operacionais.
Agora chegando à próxima parte, desde que você instalou o sistema operacional em diferentes HDs, você precisa configurar o HDD com o bootloader GRUB como o primeiro dispositivo a ser inicializado no BIOS.
Se você tiver algum problema para descobrir o acima, você pode deixar um comentário e eu vou melhorar a resposta.