Na maior parte do tempo, quando recebo este erro, é porque eu tento atribuir um key-sym a um modificador, mas esse key-sym já é usado para um modificador diferente. Tente executar "xmodmap -pm" e verifique se os syms-chave que você está tentando atribuir aos modificadores ainda não foram usados.
Por exemplo, se Meta_L já estiver atribuído a, digamos, mod4, você poderá receber este erro se tentar atribuir Meta_L a mod1 sem primeiro removê-lo de mod4.