O próprio Windows e outros softwares da Microsoft ficarão bem.
Software bem escrito que não faz suposições inseguras sobre o que o C: representa e não representa, vai ficar bem também.
Infelizmente, a maioria dos softwares faz isso da maneira correta (usando as variáveis de ambiente relevantes ou as pesquisas de registro para encontrar o local certo para o perfil do usuário ou "arquivos de programa"), mas ainda há algum software que não decide onde armazene / acesse as coisas da maneira correta e, em vez disso, use caminhos codificados. Esse software não funcionará corretamente se o Windows não estiver instalado com o mapeamento de unidade do sistema padrão. Tendo dito isso - se um pedaço de software faz com que essa coisa simples esteja errada, provavelmente é melhor não executá-la porque<insert deity here>
só sabe o que mais seu criador está errando ...