Se a origem dos arquivos * .ts for uma placa DVB, os arquivos podem ter problemas de estrutura e / ou sincronização de GOP não compatíveis.
Você precisará refazê-los em um arquivo MPEG normal, PVAStrumento e ProjectX são ferramentas para fazer isso. (ProjectX requer Java)
Se eles são de qualquer outra fonte eu recomendo Avidemux ou MeGUI para conversão.
EDIT: Acabei de encontrar outra ferramenta de fluxo DVB - TS-Doctor
Cypheros TS-Doctor is designed
recorded DVB transport stream to check
for errors and, if possible, make it
as compatible as it can to play it
back without studdering or picture and
sound delay. The program tries to
change as little as possible in the
original stream in order not to create
additional incompatibilities. PAT and
PMT be adjusted and non-existent PIDs
deleted from the tables. The picture
and sound streams will be analysed and
displayed. Not needed streams will be
deleted. The program has a detailed
review of H264 and MPEG2 video
streams, AC3 and E-AC3 audio streams
through CRC check.