Seguindo as linhas da sugestão da iSeth, procurei atualizar o texlive.
Eu tentei seguir as instruções de este link . Na etapa sudo apt-get upgrade
, recebi o seguinte aviso: "Os pacotes a seguir foram mantidos" , que listaram alguns pacotes texlive. Então usei sudo apt-get dist-upgrade
. Agora texlive é atualizado e pgfplots parece ter sido bem.
Ainda não tenho certeza se é possível e como atualizar individualmente os pgfplots, mas essa solução resolve meus problemas.