Tente usar algo como o disco ativo do GParted para formatar o disco rígido. Desta forma, o Windows não pode interferir acidentalmente com o processo.
Se você for usá-lo apenas no Windows, então você desejará o NTFS como o sistema de arquivos. Caso contrário, vá com FAT32. Embora tenha um limite de tamanho de arquivo de 4GB, parece ser o sistema de arquivos mais compatível que existe.