Iniciar o programa minimizado
Para evitar que um programa iniciado a partir de um arquivo de lote (ou o prompt de comando) tire o foco, inicie-o no mínimo:
start /min /normal c:\windows\system32\taskmgr.exe
Isso abre o programa, mas como a janela é minimizada, não é possível tirar o foco.
EDITAR: Iniciar o Gerenciador de Tarefas é um caso especial. Independentemente de como você inicia este programa, sempre leva o foco do sistema.
Neste caso, não há nada que você possa fazer. Simplesmente não é possível recuperar o foco do sistema de um arquivo em lotes. (Lembre-se, o script em lote vem dos dias em que não havia janelas de aplicativos!)