Você provavelmente tem um arquivo .profile ou arquivo semelhante configurado incorretamente. (veja o comando man do seu shell, há um monte deles. Se você não sabe qual shell você usa, use ps .) que define a opção incorretamente como '--color=auto'<br/> (se isso não for um recorte e cole o erro) usando um pseudônimo semelhante ao que você pesquisou ou você tem um comando ls que não entende essa opção.
Para tornar ls work, tente chamá-lo diretamente como /bin/ls . Se não estiver em /bin , tente which ls para descobrir onde está.
Com o comando ls em funcionamento, observe os vários arquivos de perfil do shell e corrija o problema.