Você analisou os carimbos de tempo desses css arquivos?
Meu primeiro palpite é que css arquivos são auto-regenerados imediatamente após sua exclusão, de sua scss source.
Você pode ver se eles realmente foram excluídos usando uma exclusão detalhada da seguinte forma:
find . -name "*.css" -type f -exec rm --verbose --interactive '{}' \;
E você pode ler os carimbos de hora usando um simples comando ls -l . Eu acho que mostrará os carimbos de tempo de criação fechados para o tempo de exclusão.