Você pode usar um bookmarklet do Chrome.
Crie um favorito em um painel com o seguinte código no campo "URL":
javascript:window.location="https://gmail.com/#search/rfc822msgid:"+encodeURIComponent(window.document.body.innerHTML.match(/Message-ID: <(.*)>/)[1])+"/"+encodeURIComponent(window.location.search.toString().slice(1).split('&').filter(function(x){return x.slice(0,3) == "th="})[0].slice(3));
Em seguida, no Gmail, você deve abrir um código original de uma mensagem (no menu no canto superior direito de um bloco de mensagens) e clicar no bookmarklet. Ele abrirá uma nova guia com um URL gerado com o ID da mensagem que você pode copiar com teclas de atalho.
Esse método não é muito útil e precisa de algumas ações apenas para copiar o link, mas é a única solução que encontrei até agora.
Eu já estou escrevendo minha extensão do Chrome para fazer isso em um clique, mas precisa de tempo livre para desenvolvimento.