Aqui está uma pergunta relacionada no site do Mendeley com resposta oficial. Em suma, eles dizem que dropbox e Mendeley são incompatíveis e você não deve combiná-los, especialmente com a configuração de pasta de observação.
Eu ainda quero tentar esta solução com o symlink, que eu acho que engana Mendeley para salvar os arquivos na caixa de depósito. Eu não posso supervisionar quais são as conseqüências, portanto eu não tentei isso.
Eu suspeito que as duplicatas foram feitas porque Mendeley não reconhece que a pasta dropbox é a mesma nos computadores. Portanto, ele adiciona os arquivos novamente em cada computador que assiste à pasta dropbox. Pior ainda, ele também cria uma cópia local dos artigos da sua nuvem em uma pasta de download do Mendeley. Se você salvar anotações, o arquivo será salvo por padrão nessa pasta local, criando ainda outra duplicata em potencial com a original em sua pasta dropbox e um arquivo que não esteja acessível localmente em outros computadores. Levei um tempo para perceber que confusão isso criou, mas é muito ruim.
Permanece vago o que exatamente causa os problemas de reconhecimento para Mendeley - se é o fato de que a pasta dropbox pode ter um caminho diferente em máquinas diferentes, ou mais do que isso. Eu ainda espero que haja uma maneira de contornar isso com uma escolha inteligente de pastas para salvar / assistir.
Você encontrou uma boa solução ou o link simbólico funcionou para você?