Você pode usar o seguinte comando em um dosprompt:
for /r %f in (*.png) do _pngout.exe "%f"
ou o seguinte dentro de um arquivo em lotes:
for /r %%f in (*.png) do _pngout.exe "%%f"
Para / r também tem suporte para fornecer um diretório inicial. Caso contrário, ele usará o diretório atual e obterá todos os arquivos em todos os subdiretórios que corresponderem à sua máscara de arquivo.