Eu tive um problema parecido com o meu Synology NAS (BusyBox v1.16.1):
diff -arq Dropbox/abc/ library/abc/ > abc.diff
produziu muitas entradas como Common subdirectories: Dropbox/abc/yz/tuv.pdf and library/abc/yz/tuv.pdf , mesmo que o arquivo mencionado esteja em xyz/tuv.pdf ( x missing).
Mas o seguinte comando (sem arrastar / ) funcionou como esperado:
diff -arq Dropbox/abc library/abc > abc.diff