Eu acho que o verdadeiro problema não é que "Unity não lembre as ligações", mas sim que algo está impedindo que os pixels da borda sejam atingidos. Se você fizer algo que force compiz a atualizar as configurações (habilitar ou desabilitar a camada do widget, por exemplo), as bordas estarão funcionando novamente. Eu acho que é como se o compiz estivesse rodando, mas está por trás da unidade não no topo (como uma janela inativa eu suponho). Isso explica a solução de trabalho para programas de inicialização, porque ele roda novamente compiz e força essa atualização. Eu não pensei assim, eu tudo que eu fiz para corrigir o problema foi uma reinicialização com alt + f2 e executar o comando compiz --replace assim que o desktop foi iniciado.
Em conclusão, alguma coisa está bloqueando as bordas do compiz e permanece no topo até que você a atualize de qualquer maneira.
Eu gosto de acreditar que será corrigido, porque as bordas são as coisas mais incríveis para o Ubuntu em geral.
