No Ubuntu, todas as unidades USB, uma vez montadas, estão no diretório /media
cp /media/your-usb/file-in-usb ~
Isso copia um arquivo em seu disco USB para o diretório pessoal do usuário, assumindo que a unidade é chamada your-usb
e o arquivo é file-in-usb
.
Não sei por que você precisa de permissões para copiar do USB para um arquivo local. Talvez você não tenha permissão para acessar o USB ou esteja tentando copiá-los para um diretório em que não tenha permissões. Eu faria isso para encontrar as permissões dos arquivos na unidade USB:
ls -l /media/your-usb/
Poste o resultado disso e do diretório para o qual você está tentando copiar os arquivos.
Eu não recomendo executar o gerenciador de arquivos GUI sob privilégios de superusuário, mas é assim que você lançaria o Nautilus no modo raiz:
gksudo nautilus