Seu comando grep está usando --color=auto :
$ alias grep
alias grep='grep --color=auto'
Assim, você ainda pode obter a cor adicionando esse bloco ao seu grep :
grep --color=auto -r [^a-zA-Z0-9]$1[^a-zA-Z0-9] -in JS_files/
^^^^^^^^^^^^
also my grep is by default ignoring the case, how can I force case sensitiveness?
Isso significa que o seu grep está usando -i :
-i, --ignore-caseIgnore case distinctions in both the PATTERN and the input files. (-i is specified by POSIX.)
Você tem duas opções:
1) Tente usar o grep padrão com \grep . Ele ignorará qualquer alias (consulte \ curl… | bash… qual é a barra? para mais informações):
\grep --color=auto -r [^a-zA-Z0-9]$1[^a-zA-Z0-9] -in JS_files/
2) Altere a definição grep no seu ~/.bashrc para a que você deseja. Até agora será algo como:
alias grep="grep --color=auto -i"