No Linux / Unix / Cygwin, você pode automatizar a descriptografia usando qpdf e um loop que passa por todas as combinações possíveis:
#!/bin/bash
echo "Decrypting PDF file"
for i in $(eval echo "{20000..25999}"); do
echo "try nr. $i"
qpdf --password=$i --decrypt input.pdf output.pdf
RET=$?
if [[ $RET == 0 ]]; then
echo "File succesfully decrypted."
exit
fi
done
Outras pessoas podem ajudar você a fazer isso funcionar no Windows.