Não é necessário criar um usuário, mas você certamente pode se for para sua vantagem. Não tenho certeza do que você está falando com / company / script /, mas não há razão para não falar. apenas certifique-se de que seu arquivo de script esteja em /etc/init.d antes de executar o update-rc.d. Não sei por que você quer usar / company / script /, mas a partir do seu erro, seu nome de serviço não está aparecendo.
Veja as especificações do LSB para um script init.d aqui: link você cria um único script com os recursos stop / start / restart / force-reload / status e, em seguida, registra-o com update-rc.d ou o que você sugeriu. Isso permitirá que update-rc.d aponte para um único arquivo, mas realize todas as operações necessárias usando-o.