Sim, quase certamente. A menos que você tenha um pendrive muito rápido, qualquer disco rígido será substancialmente mais rápido do que usando um Live USB.
A maioria dos sticks USB usa flash relativamente barato que não é muito rápido, e raramente chega perto de saturar a largura de banda USB 2. Há alguns pendrives especiais para velocidade, que usam USB 3 e têm controladores SSD, mas são bem caros.