Um certificado só pode conter uma única assinatura. Mas, como você está usando a marcação SSL de qualquer maneira, não há necessidade de ter sua própria CA, porque dentro de seu aplicativo iOS você simplesmente verifica a impressão digital da chave pública. Contanto que você use o mesmo par de chaves ao renovar o certificado com o letsencrypt, a impressão digital da chave pública identificará o certificado também após a renovação.