A potência disponível para USB é bastante controlada, então, é improvável que tenha algum impacto, mesmo se você tiver muitas coisas conectadas a diferentes portas USB. É claro que, a menos que seja uma das portas USB "especiais", ela será desligada quando você desligar (ou colocar em repouso) o computador.
No entanto, é muito provável que deixar o iPod pendurado no conector danifique pelo menos o cabo, se não o conector do iPod, ao longo do tempo. Não é uma boa ideia, estou com medo. Isso também pode danificar o conector USB no computador.