Os comentários sobre sua pergunta revelam que seu problema é um comando personalizado que é executado em cada arquivo salvo.
Portanto, uma solução é editar seu comando personalizado para verificar alguma variável. Se essa variável não existir ou tiver um valor "falso", execute seu comando. Caso contrário, ignore o comando. Então, fazer a gravação acontecer rapidamente é tão simples quanto configurar essa variável para true. Você poderia fazer isso em um comando para tornar isso mais fácil. Por exemplo,
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autocmd BufWritePost * if !exists('b:my_checker_skip_check') || !b:my_checker_skip_check | call DoMyCheck() | endif
...
command! MyCheckDisable let b:my_checker_skip_check = 1
command! MyCheckEnable unlet b:my_checker_skip_check