Você não deve precisar para fazer o alinhamento manual ao fazer uma comparação de dados: basta selecionar quais colunas são colunas 'chave' e o BeyondCompare fará o resto (alinhar automaticamente com base nisso).
Essa é uma opção melhor do que fazer o realinhamento manual, pois ele pode lidar com todo o conjunto de dados que está sendo classificado de forma diferente.
(@ thursdaysgeek é tecnicamente correto que a opção 'Alinhar Com' está faltando (por causa disso), mas acho que perdeu o ponto chave aqui - essa é uma daquelas perguntas em que o OP está perguntando como fazer o coisa errada (sem intenção de ofender))