Embora eu nunca tenha usado o Meld, tenho a sensação de que ele está realmente usando 'diff' embaixo das capas. A maneira como eu sempre gero arquivos de patch é simples:
$ diff -ruN ${dir1} ${dir2} > ${patchfile}.patch
Isso gera um único arquivo de correção grande, que você pode dividir como apropriado. Para gerar arquivos de correção individuais para cada alteração encontrada, você simplesmente executaria esse arquivo grande por meio de um script que se dividiu quando viu um novo conjunto de alterações (um script que não tenho em mãos nem conhece, pois nunca usei um como ele) ).