O mais provável é que as partições do Ubuntu e do Fedora usem o sistema de arquivos ext4, que possui um maior grau de resiliência contra a fragmentação de disco do que o NTFS usado pelo Windows. Isso se traduz nessa recomendação:
- Use o que você acha que está OK (eu uso o utilitário interno) para a desfragmentação do Windows (NTFS). Não tocará nas suas partições do Ubuntu / Fedora.
- Não faça nada do lado do Ubuntu / Fedora, a menos que você tenha um problema, que possa ser rastreado até a fragmentação do disco. Neste caso, pergunte em uma lista dedicada do FS do Linux.