Sou desenvolvedor do SMBUp. Me desculpe por não ter visto este post antes, eu poderia ajudar.
Como afirmado, o Samba substitui as configurações da própria Apple. Se você decidir desinstalar o Samba, essas configurações precisam ser reativadas, mas isso não pode ser feito programaticamente. Você precisa entrar e desmarcar manualmente e verificar novamente o compartilhamento de arquivos do Windows (SMB) no painel de compartilhamento de preferências do sistema algumas vezes (para forçar a reinicialização dos scripts do launchd) e ir para o painel de preferências Rede - > Avançado - > GANHE e altere seu nome netbios algumas vezes e aplique (também para "agradar" os daemons o suficiente para que eles iniciem corretamente).