Sua suposição de que o comando ls sobre ftp está de alguma forma relacionado ao comando shell ls está incorreto: quando você digita ls ... na janela ftp, o comando é interpretado pelo servidor ftp no outro lado e pode não estar nem rodando o UNIX, e não sabe nada sobre o comando ls e os switches que ele suporta. O s remote-directory local-file é a única sintaxe disponível; não há lugar para inserir interruptores.