Como outros apontaram, dois arquivos do mesmo tamanho devem ser baixados na mesma velocidade, independentemente da extensão (tudo o mais sendo igual).
Várias coisas podem estar acontecendo aqui:
- O site de origem está limitando a largura de banda disponível para cada pessoa que faz o download do arquivo. Menos provável se você disser que o problema ocorre em outros sites também.
- O seu ISP está moldando sua conexão e diminuindo a velocidade com a qual você pode baixar determinados arquivos.
- Seu software antivírus verifica esses arquivos de maneira diferente de outros, fazendo com que a taxa na qual você pode extrair os arquivos seja reduzida.
Eu diria que o candidato mais provável é 2.