O aplicativo em geral não se importaria, a menos que tentasse. Montar uma unidade em um diretório é transparente para o aplicativo, ou seja, o aplicativo não está ciente desse fato.
O vmplayer ou a estação de trabalho vmware não.
Sei que a maioria dos programas não notará a diferença, mas é verdade para, por exemplo, software de virtualização como o VMware?
Vou dar um exemplo:
C:\_VM\
C:
está baixo. C:\_VM_tmp\
). C:\_VM\
. C:\_VM_tmp\
para C:\_VM\
. Tudo funcionaria ou eu estaria em apuros?
Seus programas não devem se preocupar onde seus arquivos estão. A menos que a maneira de montar partições do Windows 7 seja muito diferente da do Linux. Eu seguiria em frente se fosse você.