Você pode remapear praticamente qualquer tecla para qualquer outra chave usando o AutoHotkey. Confira o site do remapeamento: link
O código deveria ter funcionado:
LAlt::LCtrl
LControl & RAlt::Alt
Para uma lista completa de chaves, veja aqui: link
EDITAR:como essa solução não funciona (por qualquer motivo), sugiro que você veja essa resposta no StackOverflow: link
Esse cara teve o mesmo problema e conseguiu remapear Alt Gr para Alt no registro (que é mais confiável de qualquer maneira).