O Lotus Notes usa o conceito de documentos de localização para controlar algumas configurações do usuário, como o local do arquivo de mensagens. O nome do documento de localização atual é mostrado no canto inferior direito e geralmente é chamado de Office, Network, Online, etc. Você pode clicar no nome do local e editá-lo.
No documento de localização, você precisa ir até a guia Email e alterar o local do arquivo de mensagens para corresponder ao local do seu arquivo de mensagens.
Isso provavelmente corrige a maioria dos seus problemas.
Para referência: o documento de ajuda a seguir contém informações sobre documentos de localização: link